Profile (CV) of the research teaching staff

Journal articles

• Luna-Cerralbo, David; Serrano, Ana; Blasco-Machín, Irene; Hamdan, Fadi; Martínez-Oliván, Juan; Broset, Esther; Bruscolini, Pierpaolo. CertPrime: a new oligonucleotide design tool for gene synthesis. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. 2025. DOI: 10.1016/j.csbj.2025.10.004
  
  
• Luna-Cerralbo, David; Blasco-Machín, Irene; Adame-Pérez, Susana; Lampaya, Verónica; Larraga, Ana; Alejo, Teresa; Martínez-Oliván, Juan; Broset, Esther; Bruscolini, Pierpaolo. A statistical-physics approach for codon usage optimisation. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. 2024. DOI: 10.1016/j.csbj.2024.07.020
  
  
• Di Mambro, T.; Vanzolini, T.; Bruscolini, P.; Perez-Gaviro, S.; Marra, E.; Roscilli, G.; Bianchi, M.; Fraternale, A.; Schiavano, G.F.; Canonico, B.; Magnani, M. A new humanized antibody is effective against pathogenic fungi in vitro. SCIENTIFIC REPORTS (NATURE PUBLISHING GROUP). 2021. DOI: 10.1038/s41598-021-98659-5
  
  
• Clavero-Alvarez, A.; Di Mambro, T.; Perez-Gaviro, S.; Magnani, M.; Bruscolini, P. Humanization of Antibodies using a Statistical Inference Approach. SCIENTIFIC REPORTS (NATURE PUBLISHING GROUP). 2018. DOI: 10.1038/s41598-018-32986-y
  
  
• Alonso, J.L.; Bruscolini, P; Castro, A; Clemente-Gallardo, J.; Cuchí, J. C.; Jover-Galtier, J.A. Ehrenfest Statistical Dynamics in Chemistry: Study of Decoherence Effects. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION. 2018. DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00511
  
  
• Martínez-Oliván, J; Arias-Moreno, X; Hurtado-Guerrero, R; Carrodeguas, Ja; Miguel-Romero, L; Marina, A; Bruscolini, P; Sancho, J. The closed conformation of the LDL receptor is destabilized by the low Ca(++) concentration but favored by the high Mg(++) concentration in the endosome. FEBS LETTERS. 2015. DOI: 10.1016/j.febslet.2015.10.014
  
  
• Hutton, R. D.; Wilkinson, J.; Faccin, M.; Sivertsson, E. M.; Pelizzola, A.; Lowe, A. R.; Bruscolini, P.; Itzhaki, L. S. Mapping the Topography of a Protein Energy Landscape. JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. 2015. DOI: 10.1021/jacs.5b07370
  
  
• Lira-Navarrete, E.; Rivas, M.de Las; Compañón, I.; Pallarés, M.C.; Kong, Y.; Iglesias-Fernández, J.; Bernardes, G.J.L.; Peregrina, J.M.; Rovira, C.; Bernadó, P.; Bruscolini, P.; Clausen, H.; Lostao, A.; Corzana, F.; Hurtado-Guerrero, R. Dynamic interplay between catalytic and lectin domains of GalNAc-transferases modulates protein O-glycosylation. NATURE COMMUNICATIONS. 2015. DOI: 10.1038/ncomms7937
  
  
• Faccin, M.;Bruscolini, P. MS/MS spectra interpretation as a statistical-mechanics problem. ANALYTICAL CHEMISTRY. 2013. DOI: 10.1021/ac4005666
  
  
• Bastolla,U.;Bruscolini,P.;Velasco,J. L. Sequence determinants of protein folding rates: Positive correlation between contact energy and contact range indicates selection for fast folding. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. 2012. DOI: 10.1002/prot.24118
  
  
• Bruscolini, P.;Naganathan, A. N. Quantitative prediction of protein folding behaviors from a simple statistical model. JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. 2011. DOI: 10.1021/ja110884m
  
  
• Faccin, M.;Bruscolini, P. ;Pelizzola, A. Analysis of the equilibrium and kinetics of the ankyrin repeat protein myotrophin. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 2011. DOI: 10.1063/1.3535562
  
  
• Larriva, M.;Prieto, L.;Bruscolini, P. ;Rey, A. A simple simulation model can reproduce the thermodynamic folding intermediate of apoflavodoxin. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. 2010
  
  
• Sciretti, D.;Bruscolini,P.;Pelizzola,A.;Pretti,M.;Jaramillo,A. Computational Protein Design with Side-Chain Conformational Entropy. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. 2009
  
  
• Bruscolini, P.;Pelizzola,A.;Zamparo,M. Rate Determining Factors in Protein Model Structures. PHYSICAL REVIEW LETTERS. 2007
  
  
• Bruscolini, P.;Pelizzola,A.;Zamparo,M. Downhill Versus Two-State Protein Folding in a Statistical Mechanical Model. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 2007
  
  
• Cotallo-Aban, M.; Prada‐Gracia, D.;Mazo, J. J.; Bruscolini P.; Falo, F.;Sancho, J. Analysis of Apoflavodoxin Folding Behavior with Elastic Network Models. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2006. DOI: 10.1063/1.2345631
  
  
• Bruscolini, P.;Cecconi, F. Analysis of Pin1ww Domain Through a Simple Statistical Mechanics Model. BIOPHYSICAL CHEMISTRY. 2005
  
  
• Bruscolini, P.; Pelizzola, A. The Muñoz Eaton Model for Protein Folding and its Exact Solution. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2003
  
  
• Bruscolini, P.; Cecconi, F. Mean Field Approach for a Statistical Mechanical Model of Proteins. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 2003. DOI: 10.1063/1.1580108
  
  
• Bruscolini, P.; Pelizzola, A.; Casetti, L. Phase Diagram of a Simple Model of Water: a CVM and Monte Carlo Analysis. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2003
  
  
• Bruscolini, P.; Buzano, C.; Pelizzola, A.; Pretti, M. Lattice model for polymer hydration: collapse of poly(N-isopropylacrylamide). MACROMOLECULAR SYMPOSIA. 2002. DOI: 10.1002/1521-3900(200205)181:1<261::AID-MASY261>3.0.CO;2-Z
  
  
• Bruscolini, P.; Pelizzola, A. Exact Solution of the Muñoz-Eaton Model for Protein Folding. PHYSICAL REVIEW LETTERS. 2002
  
  
• Bruscolini, P.; Pelizzola, A.; Casetti, L. Comment on Novel phase behavior in a two dimensional network forming lattice fluid. PHYSICAL REVIEW LETTERS. 2002
  
  
• Bruscolini, P.; Casetti, L. Model for the Hydration of Nonpolar Compounds and Polymers. PHYSICAL REVIEW E - STATISTICAL, NONLINEAR, AND SOFT MATTER PHYSICS. 2001
  
  
• Bruscolini, P.; Casetti, L. Modeling Hydration Water and Its Role in Polymer Folding. JOURNAL OF BIOLOGICAL PHYSICS. 2001
  
  
• Bruscolini, P.; Buzano, C.; Pelizzola, A.; Pretti, M. Bethe Approximation for a Model of Polymer Solvation. PHYSICAL REVIEW E - STATISTICAL, NONLINEAR, AND SOFT MATTER PHYSICS. 2001
  
  
• Bruscolini, P.; Casetti, L. Lattice model for cold and warm swelling of polymers in water. PHYSICAL REVIEW E - STATISTICAL, NONLINEAR, AND SOFT MATTER PHYSICS. 2000. DOI: 10.1103/PhysRevE.61.R2208
  
  

Conference presentations

• Sciretti, D.;Bruscolini,P.;Pelizzola,A.;Pretti,M.;Jaramillo,A. Protein Design at Room Temperature: The Role of Side-Chain Conformational Entropy. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2008
  
  

Scientific chapters

• PHASE DIAGRAM OF A SIMPLE MODEL OF WATER: A CVM AND MONTE CARLO ANALYSIS. Bruscolini, P.; Pelizzola, A.; Casetti, L. MODELING OF COMPLEX SYSTEMS: SEVENTH GRANADA LECTURES. 2003
  
  

Projects

• TERAPIAS DE RNA, INMUNOTERAPIA Y DIAGNÓSTICO AVANZADO FRENTE A LAS RESISTENCIAS ANTIMICROBIANAS. 01/01/25 - 31/12/28
  
  
• CONVIVEN-CI-IA. APRENDIZAJE DE COMPETENCIAS SOCIOEMOCIONALES PARA LA CIBERCONVIVENCIA A TRAVÉS DE LA INTEGRACIÓN DE HERRAMIENTAS DE INTELIGENCIA ARTIFICIAL (IA) + INTELIGENCIA COLECTIVA (IC) EN CENTROS EDUCATIVOS. 01/09/24 - 31/12/26
  
  
• PID2023-147734NB-I00: Complejidad a través de escalas espacio-temporales: de átomos a sociedades humanas. 01/09/24 - 31/12/28
  
  
• E30_23R: Supercomputación y Física de Sistemas Complejos y Biológicos (COMPHYS). 01/01/23 - 31/12/25
  
  
• EUROCC2 / National competence centres in the framework of EuroHPC Phase 2 (DIGITAL-EUROHPC-JU-2022-NCC-01). 01/01/23 - 31/12/25
  
  
• TED2021-130302B-C21: Transformación digital y pensamiento crítico en estudiantes mediante la interacción on-line en la plataforma THINKUB de inteligencia colectiva. 01/12/22 - 31/05/25
  
  
• TED2021-131518B-C31: Modelos predictivos para la estimación del riesgo de pérdida mineral ósea. 01/12/22 - 30/11/24
  
  
• PID2020-113582GB-I00: Abordando la emergencia a través de Múltiples Escalas. 01/09/21 - 28/02/25
  
  
• EUROCC / National Competence Centres in the framework of EuroHPC. 01/09/20 - 31/12/22
  
  
• E30_20R: Supercomputación Y Física De Sistemas Complejos Y Biológicos (COMPHYS). 01/01/20 - 31/12/22
  
  
• FCT-17-12577: MICROMASCOTAS II. 01/04/18 - 31/03/19
  
  
• FIS2017-87519-P. ABORDANDO LA COMPLEJIDAD DE SISTEMAS SOCIOTÉCNICOS, BIOLÓGICOS Y NATURALES. 01/01/18 - 30/09/21
  
  
• GRUPO DE REFERENCIA SUPERCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS Y BIOLÓGICOS (COMPHYS). 01/01/17 - 31/12/19
  
  
• GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/16 - 31/12/16
  
  
• FIS2014-55867-P: SocioBioTec: FÍSICA ESTADÍSTICA Y NO LINEAL APLICADA A SISTEMAS SOCIALES, BIOLÓGICOS Y TECNOLÓGICOS. 01/01/15 - 31/07/18
  
  
• GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/15 - 31/12/15
  
  
• GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/14 - 31/12/14
  
  
• GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/13 - 31/12/13
  
  
• UZ2012-CIE-06: SIMPLIFICAR LA COMPLEJIDAD: DESDE LAS MOLÉCULAS A LOS SISTEMAS DE MUCHOS AGENTES. 01/01/13 - 31/12/13
  
  
• V.I. EXCELENCIA 2011.ESTANCIA ALESSANDRO PELIZZOLA DEL POLITECNICO DE TORINO (ITALIA). 01/01/12 - 31/12/12
  
  
• GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/11 - 31/12/12
  
  
• SUB. NO SUJETA A CONV. 2011. V CONGRESO NACIONAL DEL INSTITUTO DE BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/11 - 14/11/11
  
  
• VI CONGRESOS 2010"V CONGRESO NACIONAL BIFI 2011". 01/01/11 - 31/12/11
  
  
• COMPLEX ENERGY LANDSCAPES:COMPUTATIONAL AND STATISTICAL METHODS OF SOFT MATTER. 01/05/10 - 01/09/10
  
  
• FIS2009-13364-C02-01. ACERCAMIENTO COMPUTACIONAL A LA COMPLEJIDAD EN REDES,PROTEINAS, Y SISTEMAS DE MUCHOS AGENTES. 01/01/10 - 30/09/13
  
  
• PI065/08. ACCIONES DE SOPORTE PARA EL PROYECTO DE GRID REGIONAL ARAGRID. 01/10/08 - 30/09/10
  
  
• GRUPO EXCELENTE E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/08 - 31/12/10
  
  
• FIS2006-12781-C02-01 COMPLEJIDAD EN PROTEÍNAS, REDES Y SISTEMAS DE MUCHOS AGENTES. 01/10/06 - 31/12/09
  
  
• PM057/2006 ACELERACIÓN DEL CRIBADO VIRTUAL PARA EL DESARROLLO DE FÁRMACOS EN UN SUPERORDENADOR DE FPGAs. 01/10/06 - 30/09/08
  
  
• GRUPO EXCELENTE E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/06 - 31/12/07
  
  
• INF2005-CIEN-016. TARJETA DE DESARROLLO DE FPGA-XILINX. 13/07/05 - 31/12/05
  
  
• GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/05 - 31/12/05
  
  
• VI EXCELENCIA 2004 CASETTI, LAPO. 01/01/05 - 31/12/05
  
  
• VI INFRAESTRUCTURA 2004. INF2004-CIE-04. 01/01/05 - 31/12/05
  
  
• FIS2004-05073-C04-01. CARACTERIZACION Y ANALISIS DE FENOMENOS COOPERATIVOS EN SISTEMAS COMPLEJOS IDEALES Y REALES. 13/12/04 - 12/12/06
  
  
• RAMON Y CAJAL 2003. 17/11/03 - 16/11/04
  
  

PhD supervision

• Analysis and Development of Algorithms for the Characterization of Biopolymers and Application to Protein Sequencing and Protein Folding. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente cum laude. 28/10/11
  
  

Supervision of undergraduate dissertations

• Aplicaciones de técnicas de campo medio generalizado a problemas de biofísica. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 04/12/24
  
  
• Extensión del modelo WSME del plegamiento de proteínas al caso de tres estados. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 18/09/24
  
  
• Inclusión de Interacciones electrostáticas en el modelo WSME del desplegamiento de proteínas y aplicación a proteínas relevantes. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 14/09/23
  
  
• Desarrollo de un método para la inferencia de trayectorias de diferenciación celular en tejidos complejos. Universidad de Zaragoza. Notable. 16/12/22
  
  
• Desarrollo de una aproximación variacional para la cinética de procesos markovianos en grafos. Aplicación a redes de regulación genética. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 26/09/22
  
  
• Estudio de la cromatina con modelos sencillos de física estadística. Universidad de Zaragoza. Notable. 15/12/21
  
  
• Validación de un modelo estadístico para la clasificación y humanización de anticuerpos con databases de secuencias naturales y artificiales. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 22/09/21
  
  
• Estudios de redes de regulación genéticas con modelos discretos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 22/09/21
  
  
• Análisis de transcriptomas a resolución de célula única aplicados a la inferencia de trayectorias de diferenciación celular en tejidos complejos. Universidad de Zaragoza. Notable. 09/07/21
  
  
• Biología de Sistemas: Circuitos genéticos oscilatorios y sincronización. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 11/09/20
  
  
• Estudio de la translocación de biopolímeros con modelos sencillos y simulaciones. Universidad de Zaragoza. Notable. 21/07/20
  
  
• Métodos computacionales para la caracterización de relaciones causales entre genotipo y fenotipos: heredabilidad de la expresión y coexpresión genética. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 21/07/20
  
  
• Validación y refinamiento de un modelo estadístico para la clasificación y humanización de anticuerpos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 20/07/20
  
  
• Estructura celular y patrones en biología: un enfoque de biología de sistemas. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 11/07/19
  
  
• Sistemas dinámicos y expresión de genes: cómo se forman los patrones celulares. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 12/07/16
  
  
• Estudio del comportamiento de las proteínas modulares en función del número de módulos repetidos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 08/07/16
  
  

Supervision of master's theses

• Técnicas de clusterización y clasificación aplicadas a muestras biológicas para la detección de enfermedades. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 26/09/25
  
  
• Desarrollo de un método de física estadística para la inferencia de trayectorias de diferenciación celular. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 26/09/25
  
  
• Desarrollo de un modelo Loopy-WSME y aplicación a proteínas sencillas. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 12/02/25
  
  
• Study of the translocation and degradation of repeat proteins by the protein complex ClpXP. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 07/07/21
  
  
• Application of a statistical inference model to the prediction of antibody affinity from sequence analysis. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 07/07/21
  
  
• Characterization of molecular heterogeneity in celiac disease patients. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 24/09/20
  
  
• Ajuste de un modelo estadístico para la humanización de anticuerpos. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 26/09/19
  
  
• Study of the structure-propensities of the alpha-synuclein sequence. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 10/07/19
  
  
• Study of the behavior of repeat proteins with simple native-centric models. Universidad de Zaragoza. Aprobado. 28/09/18
  
  
• Modelización matemática de problemas biológicos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 15/12/17
  
  

UNIZAR teaching of the last six courses

• Systems & synthetic biology. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitative Biotechnology. From the 2021-22 course to the 2025-26 course
  
  
• Modelling of biological systems. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitative Biotechnology. From the 2021-22 course to the 2025-26 course
  
  
• Molecular biotechnology: instrumental techniques. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitative Biotechnology. From the 2021-22 course to the 2025-26 course
  
  
• Algebra II. Degree in Physics. From the 2020-21 course to the 2025-26 course
  
  
• Algebra II. Joint Program in Physics and Mathematics. From the 2020-21 course to the 2025-26 course
  
  
• Introduction to computational methods in biology. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitative Biotechnology. During academic year 2023-24
  
  
• Simulations of biomolecules. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitative Biotechnology. During academic year 2023-24
  
  
• Big data in biology. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitative Biotechnology. From the 2022-23 course to the 2023-24 course
  
  
• Systems & synthetic biology. Master's in Quantitative Biotechnology. During academic year 2020-21
  
  
• Biological modelling. Master's in Quantitative Biotechnology. During academic year 2020-21
  
  
• Molecular biotechnology: instrumental techniques. Master's in Quantitative Biotechnology. During academic year 2020-21