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Me licencié en Física en marzo de 1993 y me doctoré en física en 1997 en la Universidad de Turín (Italia); luego fui contratado como posdoctorado por el Instituto Nacional Italiano de Física de la Materia (2 años), por el Politécnico de Turín (4 años) y por el Centro Internacional de Física Teórica de Trieste (5 meses, científico visitante). Me trasladé a la Universidad de Zaragoza en 2003, como contratado "Ramón y Cajal" en el área de "Biología Molecular, Celular y Genética". Soy miembro del Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI), y del Departamento de Física Teórica; de 2008 a 2019 he sido Profesor Contratado Doctor y desde 2019 soy Profesor Titular en la Universidad de Zaragoza.
Dirijo la línea de investigación en "Modelización Física de Biomoléculas" del Instituto BIFI; en particular mis líneas de investigación versan sobre física estadística aplicada a problemas biológicos: plegamiento, diseño y secuenciación de proteínas, diseño y humanización de anticuerpos con fines biomédicos; translocación de polímero; Biologia de sistemas. Las técnicas y herramientas teóricas utilizadas incluyen: modelos hamiltonianos discretos, graphical models, técnicas de campo medio generalizado, inferencia bayesiana, métodos de Monte Carlo, técnicas de cálculo analítico, redes de Markov, ecuación maestra. Estoy interesado tanto en la búsqueda de propiedades universales de los modelos en estudio, como en su aplicación a la predicción y análisis cuantitativo de resultados experimentales, en estrecha colaboración con bioquímicos y biofísicos.
Entre 1/1/2017 y 31/12/2022 he participado en 9 proyectos de investigación (coliderando 1: AEI - PID2020-113582GB-I00, "Abordando la emergencia a través de múltiples escalas", IP J. Gómez Gardeñes/ P. Bruscolini), he establecido un contrato con Certest Biotec sl., y he publicado 3 artículos (2 en cuartil Q1, 1 en Q2).
En total, he liderado 4 proyectos coordinados del Plan Estatal de Innovación Científica, y he participado en 33 proyectos nacionales, autonómicos y universitarios. Soy autor de 27 publicaciones en revistas internacionales (16 en el cuartil Q1, 6 en el decil D1). Índice H: 12); he presentado contribuciones en 46 congresos nacionales e internacionales.
Tengo 4 sexenios de investigación reconocidos por el CNEAI (1996-2001, 2002-2007, 2008-2013, 2014-2019), y 3 quinquenios de docencia.
Participo en el programa de Grado en Física, en el Máster en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa y en el Programa de Doctorado de la Universidad de Zaragoza. He dirigido una tesis doctoral (M. Faccin, 2011) y otra en curso, 4 disertaciones DEA, 1 trabajo de fin de licenciatura, 13 Trabajos de Fin de Grado (de los cuales 9 codirigidos) y 7 Trabajos de Fin de Máster (4 codirigidos). He participado en 9 tribunales de tesis doctorales, soy referee de varias revistas internacionales. Desde febrero de 2019 he dedicado muchas energías a tareas de gestión: he sido Profesor Secretario del BIFI hasta octubre 2023, y desde entonces soy Subdirector; he sido Coordinador del Programa de Máster en "Biotecnología Cuantitativa" (2019-2021); he liderado en 2019-20 la propuesta de un nuevo Máster en "Biofísica y Biotecnología Cuantitativa", considerado "de referencia" por la Universidad de Zaragoza, que desde el 2021-22 sustituye al anterior. He coordinado ese máster en su fase de arranque, hasta febrero 2022. 4 sexenios de investigación reconocidos por el CNEAI 1996-2001,2002-2007,2008-2013,2014-2019
1 Tesis doctoral dirigida (2011), una en curso (David Luna Cerralbo, empezada en 2022)
27 publicaciones, de la cuales 16 publicaciones en el cuartil Q1, 6 en el decil D1 (con referencia al IF de su año de publicación)
Citas totales: 455 (428 sin auto-citas)
Promedio de citas/año: 18.96
Índice h: 12
Artículos
- Luna-Cerralbo, David; Blasco-Machín, Irene; Adame-Pérez, Susana; Lampaya, Verónica; Larraga, Ana; Alejo, Teresa; Martínez-Oliván, Juan; Broset, Esther; Bruscolini, Pierpaolo. A statistical-physics approach for codon usage optimisation. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. 2024. DOI: 10.1016/j.csbj.2024.07.020
- Di Mambro, T.; Vanzolini, T.; Bruscolini, P.; Perez-Gaviro, S.; Marra, E.; Roscilli, G.; Bianchi, M.; Fraternale, A.; Schiavano, G.F.; Canonico, B.; Magnani, M. A new humanized antibody is effective against pathogenic fungi in vitro. SCIENTIFIC REPORTS (NATURE PUBLISHING GROUP). 2021. DOI: 10.1038/s41598-021-98659-5
- Alonso, J.L.; Bruscolini, P; Castro, A; Clemente-Gallardo, J.; Cuchí, J. C.; Jover-Galtier, J.A. Ehrenfest Statistical Dynamics in Chemistry: Study of Decoherence Effects. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION. 2018. DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00511
- Clavero-Alvarez, A.; Di Mambro, T.; Perez-Gaviro, S.; Magnani, M.; Bruscolini, P. Humanization of Antibodies using a Statistical Inference Approach. SCIENTIFIC REPORTS (NATURE PUBLISHING GROUP). 2018. DOI: 10.1038/s41598-018-32986-y
- Hutton, R. D.; Wilkinson, J.; Faccin, M.; Sivertsson, E. M.; Pelizzola, A.; Lowe, A. R.; Bruscolini, P.; Itzhaki, L. S. Mapping the Topography of a Protein Energy Landscape. JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. 2015. DOI: 10.1021/jacs.5b07370
- Martínez-Oliván, J; Arias-Moreno, X; Hurtado-Guerrero, R; Carrodeguas, Ja; Miguel-Romero, L; Marina, A; Bruscolini, P; Sancho, J. The closed conformation of the LDL receptor is destabilized by the low Ca(++) concentration but favored by the high Mg(++) concentration in the endosome. FEBS LETTERS. 2015. DOI: 10.1016/j.febslet.2015.10.014
- Lira-Navarrete, E.; Rivas, M.de Las; Compañón, I.; Pallarés, M.C.; Kong, Y.; Iglesias-Fernández, J.; Bernardes, G.J.L.; Peregrina, J.M.; Rovira, C.; Bernadó, P.; Bruscolini, P.; Clausen, H.; Lostao, A.; Corzana, F.; Hurtado-Guerrero, R. Dynamic interplay between catalytic and lectin domains of GalNAc-transferases modulates protein O-glycosylation. NATURE COMMUNICATIONS. 2015. DOI: 10.1038/ncomms7937
- Faccin, M.;Bruscolini, P. MS/MS spectra interpretation as a statistical-mechanics problem. ANALYTICAL CHEMISTRY. 2013. DOI: 10.1021/ac4005666
- Bastolla,U.;Bruscolini,P.;Velasco,J. L. Sequence determinants of protein folding rates: Positive correlation between contact energy and contact range indicates selection for fast folding. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. 2012. DOI: 10.1002/prot.24118
- Bruscolini, P.;Naganathan, A. N. Quantitative prediction of protein folding behaviors from a simple statistical model. JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. 2011. DOI: 10.1021/ja110884m
- Faccin, M.;Bruscolini, P. ;Pelizzola, A. Analysis of the equilibrium and kinetics of the ankyrin repeat protein myotrophin. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 2011. DOI: 10.1063/1.3535562
- Larriva, M.;Prieto, L.;Bruscolini, P. ;Rey, A. A simple simulation model can reproduce the thermodynamic folding intermediate of apoflavodoxin. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. 2010
- Sciretti, D.;Bruscolini,P.;Pelizzola,A.;Pretti,M.;Jaramillo,A. Computational Protein Design with Side-Chain Conformational Entropy. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. 2009
- Bruscolini, P.;Pelizzola,A.;Zamparo,M. Rate Determining Factors in Protein Model Structures. PHYSICAL REVIEW LETTERS. 2007
- Bruscolini, P.;Pelizzola,A.;Zamparo,M. Downhill Versus Two-State Protein Folding in a Statistical Mechanical Model. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 2007
- Cotallo-Aban, M.; Prada‐Gracia, D.;Mazo, J. J.; Bruscolini P.; Falo, F.;Sancho, J. Analysis of Apoflavodoxin Folding Behavior with Elastic Network Models. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2006. DOI: 10.1063/1.2345631
- Bruscolini, P.;Cecconi, F. Analysis of Pin1ww Domain Through a Simple Statistical Mechanics Model. BIOPHYSICAL CHEMISTRY. 2005
- Bruscolini, P.; Pelizzola, A.; Casetti, L. Phase Diagram of a Simple Model of Water: a CVM and Monte Carlo Analysis. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2003
- Bruscolini, P.; Pelizzola, A. The Muñoz Eaton Model for Protein Folding and its Exact Solution. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2003
- Bruscolini, P.; Cecconi, F. Mean Field Approach for a Statistical Mechanical Model of Proteins. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 2003. DOI: 10.1063/1.1580108
- Bruscolini, P.; Buzano, C.; Pelizzola, A.; Pretti, M. Lattice model for polymer hydration: collapse of poly(N-isopropylacrylamide). MACROMOLECULAR SYMPOSIA. 2002. DOI: 10.1002/1521-3900(200205)181:1<261::AID-MASY261>3.0.CO;2-Z
- Bruscolini, P.; Pelizzola, A.; Casetti, L. Comment on Novel phase behavior in a two dimensional network forming lattice fluid. PHYSICAL REVIEW LETTERS. 2002
- Bruscolini, P.; Pelizzola, A. Exact Solution of the Muñoz-Eaton Model for Protein Folding. PHYSICAL REVIEW LETTERS. 2002
- Bruscolini, P.; Casetti, L. Modeling Hydration Water and Its Role in Polymer Folding. JOURNAL OF BIOLOGICAL PHYSICS. 2001
- Bruscolini, P.; Buzano, C.; Pelizzola, A.; Pretti, M. Bethe Approximation for a Model of Polymer Solvation. PHYSICAL REVIEW E - STATISTICAL, NONLINEAR, AND SOFT MATTER PHYSICS. 2001
- Bruscolini, P.; Casetti, L. Model for the Hydration of Nonpolar Compounds and Polymers. PHYSICAL REVIEW E - STATISTICAL, NONLINEAR, AND SOFT MATTER PHYSICS. 2001
- Bruscolini, P.; Casetti, L. Lattice model for cold and warm swelling of polymers in water. PHYSICAL REVIEW E - STATISTICAL, NONLINEAR, AND SOFT MATTER PHYSICS. 2000. DOI: 10.1103/PhysRevE.61.R2208
Comunicaciones
- Sciretti, D.;Bruscolini,P.;Pelizzola,A.;Pretti,M.;Jaramillo,A. Protein Design at Room Temperature: The Role of Side-Chain Conformational Entropy. AIP CONFERENCE PROCEEDINGS. 2008
Capítulos
- PHASE DIAGRAM OF A SIMPLE MODEL OF WATER: A CVM AND MONTE CARLO ANALYSIS. Bruscolini, P.; Pelizzola, A.; Casetti, L. MODELING OF COMPLEX SYSTEMS: SEVENTH GRANADA LECTURES. 2003
Proyectos
- E30_23R: Supercomputación y Física de Sistemas Complejos y Biológicos (COMPHYS). 01/01/23 - 31/12/25
- EUROCC2 / National competence centres in the framework of EuroHPC Phase 2 (DIGITAL-EUROHPC-JU-2022-NCC-01). 01/01/23 - 31/12/25
- TED2021-130302B-C21: Transformación digital y pensamiento crítico en estudiantes mediante la interacción on-line en la plataforma THINKUB de inteligencia colectiva. 01/12/22 - 31/05/25
- TED2021-131518B-C31: Modelos predictivos para la estimación del riesgo de pérdida mineral ósea. 01/12/22 - 30/11/24
- PID2020-113582GB-I00: Abordando la emergencia a través de Múltiples Escalas. 01/09/21 - 28/02/25
- EUROCC / National Competence Centres in the framework of EuroHPC. 01/09/20 - 31/12/22
- E30_20R: Supercomputación Y Física De Sistemas Complejos Y Biológicos (COMPHYS). 01/01/20 - 31/12/22
- FCT-17-12577: MICROMASCOTAS II. 01/04/18 - 31/03/19
- FIS2017-87519-P. ABORDANDO LA COMPLEJIDAD DE SISTEMAS SOCIOTÉCNICOS, BIOLÓGICOS Y NATURALES. 01/01/18 - 30/09/21
- GRUPO DE REFERENCIA SUPERCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS Y BIOLÓGICOS (COMPHYS). 01/01/17 - 31/12/19
- GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/16 - 31/12/16
- FIS2014-55867-P: SocioBioTec: FÍSICA ESTADÍSTICA Y NO LINEAL APLICADA A SISTEMAS SOCIALES, BIOLÓGICOS Y TECNOLÓGICOS. 01/01/15 - 31/07/18
- GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/15 - 31/12/15
- GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/14 - 31/12/14
- GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/13 - 31/12/13
- UZ2012-CIE-06: SIMPLIFICAR LA COMPLEJIDAD: DESDE LAS MOLÉCULAS A LOS SISTEMAS DE MUCHOS AGENTES. 01/01/13 - 31/12/13
- V.I. EXCELENCIA 2011.ESTANCIA ALESSANDRO PELIZZOLA DEL POLITECNICO DE TORINO (ITALIA). 01/01/12 - 31/12/12
- GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FÍSICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/11 - 31/12/12
- SUB. NO SUJETA A CONV. 2011. V CONGRESO NACIONAL DEL INSTITUTO DE BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/11 - 14/11/11
- VI CONGRESOS 2010"V CONGRESO NACIONAL BIFI 2011". 01/01/11 - 31/12/11
- COMPLEX ENERGY LANDSCAPES:COMPUTATIONAL AND STATISTICAL METHODS OF SOFT MATTER. 01/05/10 - 01/09/10
- FIS2009-13364-C02-01. ACERCAMIENTO COMPUTACIONAL A LA COMPLEJIDAD EN REDES,PROTEINAS, Y SISTEMAS DE MUCHOS AGENTES. 01/01/10 - 30/09/13
- PI065/08. ACCIONES DE SOPORTE PARA EL PROYECTO DE GRID REGIONAL ARAGRID. 01/10/08 - 30/09/10
- GRUPO EXCELENTE E24/3 BIOCOMPUTACIÓN Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/08 - 31/12/10
- FIS2006-12781-C02-01 COMPLEJIDAD EN PROTEÍNAS, REDES Y SISTEMAS DE MUCHOS AGENTES. 01/10/06 - 31/12/09
- PM057/2006 ACELERACIÓN DEL CRIBADO VIRTUAL PARA EL DESARROLLO DE FÁRMACOS EN UN SUPERORDENADOR DE FPGAs. 01/10/06 - 30/09/08
- GRUPO EXCELENTE E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/06 - 31/12/07
- INF2005-CIEN-016. TARJETA DE DESARROLLO DE FPGA-XILINX. 13/07/05 - 31/12/05
- GRUPO CONSOLIDADO E24/3 BIOCOMPUTACION Y FISICA DE SISTEMAS COMPLEJOS. 01/01/05 - 31/12/05
- VI EXCELENCIA 2004 CASETTI, LAPO. 01/01/05 - 31/12/05
- VI INFRAESTRUCTURA 2004. INF2004-CIE-04. 01/01/05 - 31/12/05
- FIS2004-05073-C04-01. CARACTERIZACION Y ANALISIS DE FENOMENOS COOPERATIVOS EN SISTEMAS COMPLEJOS IDEALES Y REALES. 13/12/04 - 12/12/06
- RAMON Y CAJAL 2003. 17/11/03 - 16/11/04
Dirección de tesis
- Analysis and Development of Algorithms for the Characterization of Biopolymers and Application to Protein Sequencing and Protein Folding. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente cum laude. 28/10/11
Dirección de proyectos fin de grado
- Extensión del modelo WSME del plegamiento de proteínas al caso de tres estados. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 18/09/24
- Inclusión de Interacciones electrostáticas en el modelo WSME del desplegamiento de proteínas y aplicación a proteínas relevantes. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 14/09/23
- Desarrollo de un método para la inferencia de trayectorias de diferenciación celular en tejidos complejos. Universidad de Zaragoza. Notable. 16/12/22
- Desarrollo de una aproximación variacional para la cinética de procesos markovianos en grafos. Aplicación a redes de regulación genética. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 26/09/22
- Estudio de la cromatina con modelos sencillos de física estadística. Universidad de Zaragoza. Notable. 15/12/21
- Validación de un modelo estadístico para la clasificación y humanización de anticuerpos con databases de secuencias naturales y artificiales. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 22/09/21
- Estudios de redes de regulación genéticas con modelos discretos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 22/09/21
- Análisis de transcriptomas a resolución de célula única aplicados a la inferencia de trayectorias de diferenciación celular en tejidos complejos. Universidad de Zaragoza. Notable. 09/07/21
- Biología de Sistemas: Circuitos genéticos oscilatorios y sincronización. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 11/09/20
- Estudio de la translocación de biopolímeros con modelos sencillos y simulaciones. Universidad de Zaragoza. Notable. 21/07/20
- Métodos computacionales para la caracterización de relaciones causales entre genotipo y fenotipos: heredabilidad de la expresión y coexpresión genética. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 21/07/20
- Validación y refinamiento de un modelo estadístico para la clasificación y humanización de anticuerpos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 20/07/20
- Estructura celular y patrones en biología: un enfoque de biología de sistemas. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 11/07/19
- Sistemas dinámicos y expresión de genes: cómo se forman los patrones celulares. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 12/07/16
- Estudio del comportamiento de las proteínas modulares en función del número de módulos repetidos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 08/07/16
Dirección de proyectos fin de master
- Study of the translocation and degradation of repeat proteins by the protein complex ClpXP. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 07/07/21
- Application of a statistical inference model to the prediction of antibody affinity from sequence analysis. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 07/07/21
- Characterization of molecular heterogeneity in celiac disease patients. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 24/09/20
- Ajuste de un modelo estadístico para la humanización de anticuerpos. Universidad de Zaragoza. Matrícula de honor. 26/09/19
- Study of the structure-propensities of the alpha-synuclein sequence. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 10/07/19
- Study of the behavior of repeat proteins with simple native-centric models. Universidad de Zaragoza. Aprobado. 28/09/18
- Modelización matemática de problemas biológicos. Universidad de Zaragoza. Sobresaliente. 15/12/17
UNIZAR teaching of the last six courses
- Trabajo fin de master. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. During academic year 2024-25
- Biología sintética y de sistemas. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. From the 2021-22 course to the 2024-25 course
- Modelización de sistemas biológicos. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. From the 2021-22 course to the 2024-25 course
- Técnicas instrumentales en biotecnología molecular. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. From the 2021-22 course to the 2024-25 course
- Álgebra II. Graduado en Física. From the 2019-20 course to the 2024-25 course
- Álgebra II. Programa conjunto en Física-Matemáticas (FisMat). From the 2019-20 course to the 2024-25 course
- Introducción a los métodos computacionales en biología. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. During academic year 2023-24
- Prácticas externas. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. During academic year 2023-24
- Simulación de biomoléculas. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. During academic year 2023-24
- Trabajo fin de grado. Programa conjunto en Física-Matemáticas (FisMat). During academic year 2023-24
- Trabajo fin de máster. Máster Universitario en Modelización e Investigación Matemática, Estadística y Computación. During academic year 2023-24
- Big data en biología. Máster Universitario en Biofísica y Biotecnología Cuantitativa / Master in Biophysics and Quantitati. From the 2022-23 course to the 2023-24 course
- Biología sintética y de sistemas. Máster Universitario en Biotecnología Cuantitativa. From the 2019-20 course to the 2020-21 course
- Modelización biológica. Máster Universitario en Biotecnología Cuantitativa. From the 2019-20 course to the 2020-21 course
- Técnicas instrumentales en biotecnología molecular. Máster Universitario en Biotecnología Cuantitativa. From the 2019-20 course to the 2020-21 course
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